护法战争失败后，国务总理段祺瑞也没有成为赢家，新一轮的府院之争使他疲于应付。北洋时期，总统府与国务院之间的权力斗争有两次，两次都是国务总理段祺瑞与总统之争。
第一次，总统是黎元洪，黎元洪因为手上无军队，段祺瑞在最后胜出，黎元洪隐退。第二次，段祺瑞的对手却是同样拥有军队的冯国璋。张勋复辟后，段祺瑞做回总理，立即给身为副总统的冯国璋发了一封电报，电文只有四字“四哥快来”。
冯国璋安排妥当后北上就任代理总统。
在就职通电中，冯国璋特别强调，只有“府院一体内外同心”，才可能实现国家统一。号称北洋三杰的王士珍、段祺瑞和冯国璋，早年投身袁世凯门下，为北洋集团建功立业，成为声名远播的北洋的“龙、虎、豹”。此时北洋之龙王士珍由于当过复辟的帮凶，已无作为。而段、冯两位“虎豹”，在袁世凯在世的时候，已经开始形成了各自的派系，段为皖系，冯为直系，直皖矛盾随着南北冲突而日益凸显。
10月6日护法战争爆发，正当段祺瑞全力对南方用兵之际，冯国璋提出了“和平统一”的政策，即承认西南各省军阀割据的现状，以换取他们对北京中央政权的承认。
由于冯国璋的运作，段祺瑞征讨南方的战争彻底失败了。11月19日段祺瑞被迫辞去了陆军总长的职务，日辞去了国务总理的职务。冯国璋立即启用赞成”和平统一“政策的王士珍，接替段祺瑞国务总理兼陆军总长的职务。
段祺瑞不甘心“武力统一”的失败，一方面组织督军团天津会议，鼓吹对南方继续用兵；一方面又说动了奉系大帅张作霖，派兵入关威胁京畿。此时冯国璋在北京的总统府卫队只有两个师，力量单薄。
1918年1月中旬，护法战争重燃战火，冯国璋在北京陷入了空前的孤立。1月6日，冯国璋借出京“巡视”为名，想回到自己的势力范围南京，商讨反段大计。段祺瑞命皖系安徽督军倪嗣冲拦截。奉军又实行了“兵谏”，皖奉联合，冯国璋只能请出段祺瑞，再次出任国务总理。
1918年8月新国会成立了，段祺瑞掌控下的安福系成为第一派系，9月新国会选举徐世昌为新任总统。冯国璋下台了，段祺瑞也同时请辞，但不久转任督办参战事务处的督办，仍然把持着朝政。
安福系与皖系军阀
护法战争期间，直、皖矛盾日趋尖锐，冯国璋和段祺瑞形同水火。皖系依靠日本大量贷款和军火援助，组织了一支“参战军”，军事实力得到显着增强；同时又从政治上下手，力图通过新的国会选举，选举段祺瑞或能为皖系所用的人当总统。
为此，皖系军阀和依附皖系的官僚、政客，在临时参议院召开前后加强了联系，安福俱乐部应运而生。早在1917年8月，依附于皖系的政客王揖唐、曾毓隽等人就经常在北京宣武门内的安福胡同梁式堂的住宅聚会，不过很少涉及政治。1918年月6日，北京政府发布命令，定于5月0日和6月10日举行众议院议员的初选和复选；6月0日举行参议院议员选举。月7日晚，王揖唐、曾毓隽以及王印川、郑万瞻、刘恩格等人在安福胡同开会，决定成立组织，不以政党相标榜，谓之安福俱乐部，即以所在胡同定名。
安福俱乐部也称安福系，有完整的组织系统，下设干事部、评议会、政务研究会。
干事部由王揖唐任主任，曾毓隽、王郅隆任常任干事。评议会由田应璜担任会长，吴文瀚、王印川担任副会长。政务研究会由李盛铎担任会长，秦望澜、克希克图担任副会长。这是一个为皖系军阀牟取派系和个人私利的军阀、官僚、政客的集合体。
安福俱乐部成立后，在段祺瑞、徐树铮指挥下，又取得旧交通系首领梁士诒万元巨款的援助，因此通过贿赂大肆操纵选举。国会共选出参议员147名，众议员5名，其中安福系占有84名，占总数的80％。安福系如愿以偿成为国会的唯一支配者。
8月1日，安福国会召开后，第一件事就是让冯国璋下台，选举徐世昌当大总统。这件事遭到西南护法各省及直系军阀吴佩孚的反对。西南护法各省依据《中华民国临时约法》，认为这次两院议员的选举是非法的，拒不承认安福国会。吴佩孚一贯反对皖系，这时也与西南方面联合起来，通电各省，主张另选总统。
直皖矛盾并未因冯国璋、段祺瑞同时下台而消弭，反而愈演愈烈，190年月终于爆发了直皖战争，结果皖系失败。北京政府为直、奉两系（以直系为主）所控制。8日，北京政府免去段祺瑞本兼各职，9日，明令惩办徐树铮、曾毓隽等安福系十大祸首。8月日，下令解散安福俱乐部，7日，通缉王揖唐及安福系其他重要首领。8月0日安福国会宣布闭会。（未完待续）