接到总部的命令后，2B和9S立刻赶了回去。
一个超大型的机器造物突然出现在城市中。
他俩找到了飞行机甲，经过一番鏖战，最终打败了头目。
它在最后时刻自爆，将城市的地面，炸出一个大窟窿。
与此同时，总部检测到，从窟窿中涌出了大批外星人的讯号。
它们已经消失了几百年，现在却突然露面，背后似乎藏着什么阴谋。
总部直接向现场的二人，下达了探索地底的命令。
2B和9S便沿着机械造物爆炸后产生的窟窿，进入通往地底的山洞。
通过多道金属闸门后，二人进入了一个巨大的金属空间，像是某种指挥中心。
在这里，有许多外形像章鱼的外星人，只不过它们早已死去，变成了干尸。
而且，里面还放着外星人母舰的残骸。
这时候，突然出现两名银发男子，外形和沙漠中消失的人造人很像。
“他们”一个叫亚当，一个叫夏娃。
根据“他俩”的介绍，早在几百年前，机械生命体就将外星人全灭了。
机械生命体是不断进化，完成自我强化的兵器。
没花多少时间，它们的智慧水平便已经超过了外星人。
现在，它们的兴趣放在了月球上的人类。
根据收集到的资料，人类的很多行为都难以理解。
它们希望能捕获人类，进行一番研究，解开这个谜团。
甚至还邀请2B和9S帮忙。
当然，这个请求毫无疑问被拒绝。
交涉失败，双方自然打了一架。
但两名银发男子并没有纠缠太久，便突然消失掉，只留下一句莫名其妙的话：
“这就是我们造物主的结局……你们所相信的人类又怎么样了呢？”
2B和9S搜查了大厅，没找到新的情报，便接到命令原路返回。
9O通知说，目前所有接入点都能传送——将自我数据传送回总部的临时身体。
这样就不用每次都用机甲飞回基地了。
二人直接传送回总部，汇报了金属大厅的情况。
司令表示，既然外星人已经被灭绝了，人类议会将拟定一个新的对策。
至于这个消息，2B和9S一定要保守秘密，不能透露给他人。
同时，她布置了新的任务——调查机器人村长帕斯卡尔。
因为，人类议会对这个特殊的机械生命体很感兴趣。
他俩刚传送到地面，便接到新消息：寄叶部队有同伴叛变，袭击了反抗军营地。
二人受命去抓捕这些叛徒，很快就遇到了两个——22B和64B。
经过一番追杀，消灭了目标后，对方的原队长-8B姗姗来迟。
二人接着又联手干掉了8B。
9S对于杀死同伴这件事，显得难以接受。
但叛徒们确实袭击了反抗军营地，造成了很大损失。
结果，回去问询阿妮摩尼后，发现并没有这样的事情。
这种感觉，有点像总部存心栽赃这三人。
9S联系通讯系统，希望能查到事件资料，却发现都被删除，任务是司令直接下的命令。
对方还特别提醒9S“小心一点”。
这个小插曲结束后，二人前往机器人村庄，和帕斯卡尔聊了会天。
了解了它为什么选择和平，以及对外星人和其他机械生命体的印象。
他们还获悉，废墟都市的东北方向，是一个巨大森林，里面有机械生命体建造的【森之国】。
这个情报比较有价值，二人便打算那里继续调查。
路上遇到的机械兵，很像是骑砍中的领主，由一个骑士带着好几个步兵。
它们一边宣誓用生命保卫国王，一边英勇战斗。
让人感觉，它们仿佛是忠诚的卫队一样。
二人继续探索这片巨大的森林，找到了一座废弃的城堡。
消灭了无数悍不畏死的卫兵之后，2B和9S在宫殿中，发现了一个躺在摇篮中的机器人婴儿。
原来，它就是“森林之王”。
突然间，一个黑影落下来，挥刀砍死了这个“王”。
她外形和2B很像，也是银发黑衣，身材凹凸有致，只不过头发更长，神情更加淡漠。
这时候，总部传来消息，目标是被通缉的叛徒A2，命令当场消灭掉她。
经过一番交手后，A2跳上了墙壁，只是冷冷地看着他们。
9S指责对方背叛了寄叶部队。
然而，A2却说寄叶部队才是背叛者。
她传达完这个消息，便离开了城堡。
二人向总部汇报了此事，司令非常关心他俩的安危，并声称A2是非常危险的个体，建议以后远离她。
9S想打听A2叛逃的资料，但司令以机密为理由，拒绝回答。
回到反抗军营地后，阿妮摩尼布置了一个新任务：
他们的部队在海上布置了一艘航空母舰，现在马上就要返航补给。
需要2B和9S过去帮忙警戒。
二人穿过下水道，来到水淹之城的码头附近。
这时候，接到了司令的通信。
她表示航母正收到攻击，命令二人装备机甲过去支援。
他俩穿上机架，赶到航母位置时，一大波敌人已经围了上来，就连舰身都被打得起火燃烧。
2B和9S合力解决掉一座巨大的圆盘状飞行器后，从海里突然钻出一头金属巨兽，将航母拦腰咬断。
这时候，其他寄叶部队成员也赶来协助，分担了压力。
9S有了一个想法，他让2B启动岸上的电磁轨道炮，近距离攻击巨兽。
她趁着巨兽张嘴的时候，接连击中它的喉咙，炸得它浑身腾起熊熊火焰。
就在他俩都以为巨兽被摧毁了的时候，对方却复苏了。
而且，它的整个躯干都浮出水面——之前看见的只是冰山一角。
它发出的强大震荡波，让所有的机甲都停止运转了。
正在这关键时刻，帕斯卡尔和它的同伴及时赶到，救下了2B和9S。
经过帕斯卡尔的介绍，他们了解到：
这台金属巨兽属于古代武器，它存在的意义就是摧毁人工智能机器人。
可是，后来它失去控制，不分敌我开始攻击。
于是便将它丢弃到深海中，没想到现在却再次苏醒过来。
突然间，9S想到了消灭巨兽的方法，不过需要2B拖住敌人。
在2B的配合下，他启动了岸上的导弹，击倒了巨兽。
巨大的爆炸冲击中，总部与地面的通信出现了严重的故障。
当2B苏醒后，发现9S已经失去踪影。
导航系统也只侦测到9S的微弱信号，但无法确定他的准确位置。
2B回到营地后，获得一种特殊的扫描仪。
通过扫描仪，她追踪到9S的踪迹：
原来他被爆炸的冲击波掀飞，坠落到了城市中心的大窟窿中。
她赶到坠落位置后，终于检测到了9S的信号。